Управление реализацией программных мероприятий осуществляет Дирекция государственной программы, в состав которой входят представители федеральных органов исполнительной и законодательной власти и независимые эксперты. В реализации государственной программы участвуют федеральные органы исполнительной и законодательной власти, органы исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органы местного самоуправления и организации коммунального комплекса.

Дирекция создается Правительством Российской Федерации в форме федерального государственного учреждения «Дирекция по управлению государственной программой «Чистая вода». Полномочия дирекции государственной программы, а также порядок ее деятельности определяются уставом, утверждаемым в установленном порядке. В состав Дирекции государственной программы входят представители федеральных органов исполнительной и законодательной власти и независимые эксперты.

Основными функциями Дирекции государственной программы являются:

• координация деятельности по разработке нормативных правовых документов, необходимых для создания системы эффективного управления сектором водоснабжения и водоотведения;
• проведение конкурсов по отбору региональных программ;
• обеспечение взаимодействия федеральных органов исполнительной власти, органов исполнительной власти субъектов Российской Федерации, органов местного самоуправления и организаций коммунального комплекса, участвующих в реализации региональных программ;
• сбор и анализ информации о ходе выполнения региональных программ в рамках проведения мониторинга;
• формирование нормативно правовой базы деятельности Российского фонда развития систем водоснабжения и водоотведения;
• контроль за деятельностью инвестиционных фондов;
• формирование информационной аналитической базы о состоянии сектора водоснабжения и водоотведения.

Дирекция государственной программы предоставляет государственному заказчику информацию о ходе реализации государственной программы и об использовании бюджетных средств.

Субъектам Российской Федерации рекомендуется на основе государственной программы разработать и утвердить региональные программы «Чистая вода».

Субъектам Российской Федерации, программы которых прошли конкурсный отбор, предоставляется финансирование за счет средств государственной программы. Участие в государственной программе субъектов Российской Федерации возможно при условии, что субъектом предусмотрены обязательства по финансированию мероприятий государственной программы за счет средств бюджетов субъектов Российской Федерации и привлеченных внебюджетных средств, а также по выполнению субъектами Российской Федерации показателей мероприятий государственной программы.